作者：田樂(lè) 北京市懷柔區(qū)懷北鎮(zhèn)衛(wèi)生院

微生物的種類(lèi)至今為止有記載的約有20萬(wàn)種，而估計(jì)總數(shù)約為500萬(wàn)～600萬(wàn)種。面對(duì)如此繁雜、多樣的物種，必須掌握一定的分類(lèi)學(xué)知識(shí)和理論，才有可能對(duì)微生物類(lèi)群有一個(gè)較為清晰的認(rèn)識(shí)。
細(xì)菌分類(lèi)學(xué)是微生物分類(lèi)學(xué)的一個(gè)分支，是對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類(lèi)、鑒定與命名的一門(mén)學(xué)科。目前，細(xì)菌分類(lèi)學(xué)已從按表型分類(lèi)的傳統(tǒng)分類(lèi)學(xué)發(fā)展到按照親緣關(guān)系和進(jìn)化規(guī)律進(jìn)行分類(lèi)的系統(tǒng)分類(lèi)學(xué)。分類(lèi)學(xué)的任務(wù)是在全面了解細(xì)菌的生物學(xué)特征的基礎(chǔ)上，研究細(xì)菌的種類(lèi)，探索其起源、演化及與其他類(lèi)群之間的親緣關(guān)系，進(jìn)而提出能反映自然發(fā)展規(guī)律的分類(lèi)命名系統(tǒng)。
分類(lèi)的任務(wù)是通過(guò)收集大量的個(gè)體資料，經(jīng)過(guò)科學(xué)的歸納、整理，使之形成一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)。從細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的發(fā)展階段上，早期的分類(lèi)系統(tǒng)主要以細(xì)菌的形態(tài)和生理生化特征為依據(jù)，這種早期的分類(lèi)觀念漸漸被所謂的自然關(guān)系理論所替代，即表型與系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)分類(lèi)理論。在表型與系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)分類(lèi)理論中，表型分類(lèi)突出菌株間的相互聯(lián)系，不包含菌株間的進(jìn)化關(guān)系及與祖細(xì)胞的聯(lián)系，系統(tǒng)進(jìn)化分類(lèi)則突出菌株與祖細(xì)胞的關(guān)系。表型與系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)分類(lèi)理論具有方法穩(wěn)定、客觀、可預(yù)見(jiàn)性，且適用于所有細(xì)菌的特點(diǎn)，在分類(lèi)實(shí)踐中，將表型與系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)分類(lèi)的優(yōu)點(diǎn)相結(jié)合的分類(lèi)方法也稱(chēng)為多相分類(lèi)學(xué)。
分類(lèi)等級(jí)又稱(chēng)為分類(lèi)單元。細(xì)菌的分類(lèi)單元和其他生物相同，種以上的系統(tǒng)分類(lèi)單元自上而下依次分為七級(jí)：
界，門(mén)，綱，目，科，屬，種。種是細(xì)菌分類(lèi)學(xué)中最重要的同時(shí)也是首要元高于非同種菌株間的相似性。在微生物中，一個(gè)種只能用該種內(nèi)的一個(gè)典型菌株（type strai素。目前公認(rèn)的種的定義為：由同一起源而來(lái)的菌株所構(gòu)成的集合，且同種菌株間的相似性n）作為它的具體代表，這種典型菌株就稱(chēng)為模式種（type species）或標(biāo)準(zhǔn)菌株（standard strain）。例如：在兩歧雙歧桿菌的大量菌株中，只有“ATCC29521”才是它的標(biāo)準(zhǔn)菌株。由此可見(jiàn)，在細(xì)菌分類(lèi)學(xué)中，“種”只是一個(gè)抽象的概念，“種”的許多生物學(xué)性狀是由其典型的模式種來(lái)體現(xiàn)的。它是該“種”的參比菌株。在細(xì)菌的分類(lèi)、鑒定和命名時(shí)均以模式菌為依據(jù)，也可作為質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)。
同一種內(nèi)的細(xì)菌，在某些方面仍有一定的差異，可再分成亞種（subspecies），亞種以下的分類(lèi)等級(jí)為型（type），以區(qū)別某些特征。例如由抗原結(jié)構(gòu)不同而分的血清型（serotype）；對(duì)噬菌體敏感性不同而分的噬菌體型（phagetype）；對(duì)細(xì)菌素敏感性不同而分的細(xì)菌素型（bacferiocin-type），因生化反應(yīng)和某些生物學(xué)性狀不同而分的生物型（biotype）等。
在“種”這一細(xì)菌分類(lèi)的基本單元之上，將性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬，相近的屬歸為一科，依次類(lèi)推。在兩個(gè)等級(jí)之間，可添加次要分類(lèi)單位，如亞門(mén)、亞綱、亞屬和亞種等。群和組不是正式分類(lèi)等級(jí)，泛指具有某種共同特性的某個(gè)群體，任何等級(jí)都可借用。對(duì)于更高分類(lèi)等級(jí)如屬（genus）、科（family）和目（order），目前尚缺乏統(tǒng)一的分類(lèi)方針，但實(shí)際操作中，高等級(jí)的分類(lèi)單位大多數(shù)用16SrDNA序列相似性和族群穩(wěn)定性來(lái)描述。
多相分類(lèi)學(xué)“polyphasic taxonomy”是由Colwell于1970年代提出的，其含義是將所有可以獲得的表型、基因型和進(jìn)化學(xué)信息整合在一起，建立普遍適用于所有細(xì)菌的分類(lèi)方案。目前與此目的相適應(yīng)的分類(lèi)方法包括基因分類(lèi)、表型分類(lèi)及生化分類(lèi)等方法。
常用基因分型方法包括DNA雜交法、rRNA寡核苷酸分析和鳥(niǎo)嘌呤加胞嘧啶堿基比例的測(cè)定。
表型分類(lèi)法，以細(xì)菌的形態(tài)、生理特征為依據(jù)的分類(lèi)法奠定了傳統(tǒng)類(lèi)的基礎(chǔ)。選擇一些較為穩(wěn)定的生物學(xué)性狀，如細(xì)菌的形態(tài)結(jié)構(gòu)、染色性、培養(yǎng)特性、生反應(yīng)、抗原性作為分類(lèi)依據(jù)，然后按主次順序逐級(jí)區(qū)分。這種方法使用方便，分類(lèi)亦較為確，但對(duì)分類(lèi)性狀的選擇有一定主觀性，摻雜著一些人為因素。
化學(xué)分類(lèi)學(xué)法（是指應(yīng)用分析方法收集關(guān)于細(xì)胞不同化學(xué)成分的信息來(lái)進(jìn)行細(xì)菌分類(lèi)。正如其他表型技術(shù)和基因分型技術(shù)一樣，一些化學(xué)分類(lèi)方法廣泛應(yīng)用于大量細(xì)菌，而有一些很特異只能適用于一些特殊的細(xì)菌。




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